Anden del - Opgøret 1943-1945

De forbandede år 2 er en stærk dramatisk opfølger til Første del. Filmen følger familien Skov fra foråret 1943 til sommeren 1945, hvor Danmark atter bliver frit.

Familien Skov er splittet. Aksel, der tilsluttede sig modstandsbevægelsen, er gået under jorden, og fra at være en idealistisk amatør udvikler han sig til at blive en hårdkogt partisan. Karl kæmper for sit livsværk på sværere og sværere betingelser, og da samlingsregeringen kollapser, er han pludselig uden politisk opbakning og må tage alle forbehold for at sikre en fremtid for familien - også på den anden side af krigen. Det sætter forholdet til Eva under pres. Hun har hele tiden har haft svært ved sin mands samarbejde med besættelsesmagten. Den stigende modstand mod besættelsen og tyskernes øgede brutalitet får fatale følger for familien.